Des d’un bon començament, i fidels als principis de l’entitat, el Centre s’ha distingit per la recuperació de la nostra història i la creació i gestió des dels seus inicis, del Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles (1943) i de l’Arxiu Històric Comarcal de Banyoles (1952).
Al llarg d’aquests anys, i per tal de poder desenvolupar tota aquesta activitat, es varen anar creant diferents seccions, que foren les responsables de portar a terme un seguit d’actuacions dins la nostra comarca, com poden ser les dutes a terme en els jaciments arqueològics de Serinyà, Porqueres, Vilauba o al Dolmen de Can Closes a Pujarnol, les col·laboracions en la restauració de diferents edificis medievals de Banyoles i fins i tot del propi edifici de la Pia Almoina, seu de l’entitat i del Museu Arqueològic Comarcal, de la restauració del qual sempre n’ha assumit la responsabilitat. Actualment, la organització amb seccions s’ ha modificat i les iniciatives sorgeixen directament de la Junta i, si escau, es formen grups de treball o comissions per a temes concrets.
